南京石头城遗址公园承载着六朝石头城、明城墙、清凉山与秦淮河等多重历史信息。伴随城市长期演变，不同时期的遗址线索逐渐发生交叠、断裂与分离，部分遗迹被自然环境和现代建设遮蔽，原有山、水、城之间的整体关系也日趋模糊。设计由此将遗址视为一套仍在城市中延续的空间关系，而非孤立静止的历史对象。

方案以“交汇、重叠、分置”为叙事线索，选取三处空间多义节点展开渐进式介入。在遗址交汇处，通过线性灯带、漂浮廊道和轻质建筑体量强化石头城的延伸方向，并植入遗址博物馆、社区广场及滨水渡口，使历史展示与公共生活相互结合；在遗址重叠处，通过空间完形与材质剥离修复明城墙流线，使被遮蔽的六朝遗址重新显现；在遗址分置处，则利用树列、排架、构筑物与光影序列暗示已消失的历史轴线，并通过山水通廊连接清凉山与秦淮河。

设计以轻介入、可识别和连续体验为原则，将建筑、景观、光影与步行路径共同作为历史表达媒介，使遗址从难以辨认的背景转化为可阅读、可行走、可参与的城市空间。三个节点既分别回应遗址展示、流线修复和公共活动需求，又共同构成一条贯穿山、水、城与社区的历史感知序列，实现文化遗产保护、城市空间织补与当代公共生活之间的协同。