熙春园是清代北京西郊的众多皇家园林之一，曾经为“三山五园”的一部分。该园的园主随着帝王的更迭几经变迁，先后作为帝王行宫、皇家御园、皇子赐园使用，期间更有《古今图书集成》这样的丛书在此撰成。直到清末建立留美学生肄业馆时熙春园才脱离了皇家园林的范畴。
如今的清华园红区大致建立在当年熙春园（含近春园）的园林范围之内。由于百十年间师生活动的需求，当年的皇家园林经历了大量的规划和改建，中国古典园林的风貌和格局已经被大幅度改变。此博物馆作用在于纪念这一园林曾经的风流雅致，也借此展示清华大学建校以来对这一遗址的改变。
因此这一建筑在设计思路上借鉴了中国古典园林和院落的布局，在建筑中引入两个院子并将自然的山水纳入其中。在色彩运用上选择了传统的灰色，将明艳的颜色让渡给自然的风光，继承熙春园遗址的旧风貌的同时又融入了现代建筑的外形。